読者です 読者をやめる 読者になる 読者になる

山羊の午後

研究関係の備忘録。

Rで描く、二要因の棒グラフ

とりあえずのR グラフ

barplot(x, beside=T)

  • 行列データxを縦列ごとにグループに分けて棒グラフを描く。

f:id:yk_uminami:20160422012354p:plain

#データ入力
group<-c(10,20,30) #例 投与量
m.Con<-c(0.079,0.102,0.146) #対照群 平均値
sd.Con<-c(0.022,0.051,0.026) #対照群 標準偏差

m.Test<-c(0.12,0.25,0.34) #テスト群 平均値
sd.Test<-c(0.055,0.031,0.026) #テスト群 標準偏差


#y軸の最大値を指定
yRoof=round(max(m.Con+sd.Con, m.Test+sd.Test)*1.2, 1) 


#棒グラフ
graph1<-barplot(cbind(m.Con, m.Test),beside=T, 
        names=c("Con","Test"), ylim=c(0,yRoof), col=c(0,8,1))

#上向きのエラーバー
arrows(graph1,cbind(m.Con,m.Test),
       graph1, cbind(m.Con+sd.Con,m.Test+sd.Test),
       angle=90, length=0.1,lwd=2, col=1)

#下向きのエラーバー
arrows(graph1,cbind(m.Con,m.Test),
       graph1,cbind(m.Con-sd.Con, m.Test-sd.Test),
       angle=90,length=0.1,lwd=2,col=c(1,1,"white"))

# x軸を描く
axis(side=1, c(mean(graph1[,1]),mean(graph1[,2])), labels=F) 

legend("topleft", paste(group, "mg"), fill=c(0,8,1)) #凡例
title("Bar graph with two factors")

データ

  • cbind(m.Con,m.Test)#ベクトルを列方向に連結。
m.Con m.Test
[1,] 0.079 0.079 #10mg
[2,] 0.102 0.102 #20mg
[3,] 0.146 0.146 #30mg
  • Conの平均値(m.Con)1、2、3行目がグラフ1グループ目に隣接して表示される。

barplot(beside=T)

  • 入力されたベクトルを列ごとに隣接して描画。
  • besides=Fにすると列ごとの積み上げグラフになるので注意。
  • barplot()を代入したgraph1は、各棒のx軸上の位置を値として返す。入力した表と同じ形式が出力される。

エラーバー

  • arrows()も同様に列ごとに1、2、3行目とデータが読み込まれるので、同じ形式でx0,y0.x1,y1のそれぞれにデータ表を指定する。(値の混同がないように注意すること)

そのほかの修飾

  • 各郡の真ん中に目盛りをつけるため、axis()には、graph1の列ごとに平均値をとった。(各棒それぞれに目盛りをつける場合、graph1をそのまま入力する)
  • legend(位置、ラベル名、凡例の書式)を指定する。すべてに同じ単位をつける場合、paste()が便利。

行列を入れ替えた表

f:id:yk_uminami:20160422013553p:plain

データ表の行列を入れ替えて入力する

rbind(m.Con, m.Test) #ベクトルを行方向に連結

[,1] [,2] [,3]
m.Con 0.079 0.102 0.146
m.Test 0.120 0.250 0.340
group 10 20 30
#棒グラフ
graph1<-barplot(rbind(m.Con, m.Test),beside=T, 
        names=group, ylim=c(0,yRoof), col=c(0,8))

#上向きのエラーバー
arrows(graph1,rbind(m.Con,m.Test),
       graph1, rbind(m.Con+sd.Con,m.Test+sd.Test),
       angle=90, length=0.1,lwd=2)

#下向きのエラーバー
arrows(graph1,rbind(m.Con,m.Test),
       graph1,rbind(m.Con-sd.Con, m.Test-sd.Test),
       angle=90,length=0.1,lwd=2)

# x軸を描く
axis(side=1, c(mean(graph1[,1]),mean(graph1[,2]),mean(graph1[,3])), labels=F) 

#凡例とタイトル
legend("topleft", c("Con","Test"), fill=c(0,8)) 
title("Bar graph with two factors")
  • barplot()に入力するデータ表にあわせてarrows(),axis()の入力データの形式をそろえる。